适用于 Openclaw 的 生物信息学绘图生成器

一个智能路由技能,可将生物信息学数据可视化请求分发给高度可定制、满足出版要求的子技能,包括火山图、热图、小提琴图和散点图。

xutaoguo55
v1.0.0
2026年6月4日
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安装与下载

1. ClawHub CLI

从源直接安装技能的最快方式。

npx clawhub@latest install bioinformatics-plot-generator

2. 手动安装

将技能文件夹复制到以下位置之一

全局模式
~/.openclaw/skills/
工作区
<project>/skills/

优先级:工作区 > 本地 > 内置

3. 提示词安装

将此提示词复制到 OpenClaw 即可自动安装。

请帮我使用 Clawhub 安装 bioinformatics-plot-generator。如果尚未安装 Clawhub,请先安装(npm i -g clawhub)。

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获取包含原生技能文件的ZIP压缩包。

什么是 生物信息学绘图生成器?

生物信息学绘图生成器是一个专为 AI Agent 和开发者工作流程设计的路由接口,作为可视化复杂生物数据集的中心枢纽。它利用 Openclaw Skills 智能解析用户的绘图请求(范围涵盖差异表达分析、基因组筛选到相关性分析),并自动将任务分发给相应的可视化子技能。每个脚本均可高度定制,生成标准双格式(300 DPI PNG 和矢量 SVG)输出,非常适合同行评审的学术出版物。

通过在统一的路由机制下整合多种专用绘图库,开发者和 AI Agent 无需手动调整参数或从零开始编写脚本,即可无缝生成复杂的视觉效果。无论您需要聚类基因表达热图、统计比较雨云图还是带注释的火山图,此技能都能简化科学可视化流程。

生物信息学绘图生成器 应用场景

  • 使用自动文本标签防重叠功能,可视化差异基因表达、CRISPR 筛选命中或 GWAS 结果。
  • 生成带有行列注释的聚类基因表达矩阵或蛋白质丰度热图。
  • 使用雨云图或小提琴图进行带有统计显著性括号覆盖的分布组比较。
  • 生成相关性矩阵、回归线和 MA 图,用于质量控制和探索性生物信息学数据分析。
  • 将强大且自动化的可视化步骤集成到由 Openclaw Skills 驱动的生物信息学分析工作流程中。

生物信息学绘图生成器 工作原理

  1. 分析用户的可视化提示和目标数据集列,以确定适当的绘图类型。
  2. 根据路由指南,在 Openclaw Skills 中将请求路由到特定的子技能(如 plot-volcano、plot-heatmap、plot-box-violin 或 plot-scatter-bar)。
  3. 解析输入的表格数据 (TSV/CSV),定位所需的索引、fold-change、p-value 或数值列。
  4. 基于标准默认值或高级用户覆盖,配置样式参数、阈值和注释。
  5. 执行底层的 Python 绘图脚本,以渲染高分辨率 300 DPI PNG 和基于矢量的 SVG 图形。
  6. 输出最终的视觉文件路径,以及用于后续分析的二级注释表格。

生物信息学绘图生成器 配置指南

在使用这些 Openclaw Skills 之前,请确保您的环境中已安装目标包。这些脚本依赖于标准的科学 Python 库,如 numpy、pandas、matplotlib、seaborn、adjustText 和 scipy。

最简设置与子技能执行

运行火山图生成:

python plot-volcano/scripts/plot_volcano.py \\
  --input results.tsv \\
  --feature-col gene \\
  --x-col log2FoldChange \\
  --p-col padj \\
  --output volcano.png

生成表达热图:

python plot-heatmap/scripts/plot_heatmap.py \\
  --input expression_matrix.tsv \\
  --index-col gene \\
  --output heatmap.png

创建带统计检验的分布小提琴图:

python plot-box-violin/scripts/plot_box_violin.py \\
  --input data.tsv \\
  --value-col expression \\
  --group-col condition \\
  --plot-type violin \\
  --output violin.png

生物信息学绘图生成器 数据架构与分类体系

生物信息学绘图生成器需要表格数据(TSV、CSV 或数值矩阵)并组织输出视觉资产。子技能的通用属性定义如下:

输入数据规格

子技能 输入格式 必需列 / 维度
plot-volcano 表格 (TSV/CSV) 特征 ID、Log Fold-Change、p-value 或调整后的 p-value
plot-heatmap 数值矩阵 行索引(基因/蛋白质)和列标题(样本)
plot-box-violin 表格 (TSV/CSV) 数值,离散分组/条件列
plot-scatter-bar 表格 (TSV/CSV) 数值坐标、大小缩放或类别标记

输出文件与产物

  • 主要图像:300 DPI 高分辨率 PNG,用于快速查看和文档嵌入。
  • 矢量输出:可选的 SVG 图形伴随文件(--output-svg),用于在 Adobe Illustrator 或 Inkscape 中进行无限缩放。
  • 注释表格:对于火山图,会保存带有分配的差异组(上调/下调/ns)的带注释 TSV 文件。

生物信息学绘图生成器 高级特性

  • 直接在火山图角落计算并渲染象限计数。
  • 针对 Top-N 特征的自动、非重叠标签放置的高级 adjustText 防碰撞功能。
  • 将 scipy 联动方法(ward、complete、average、single)集成到热图生成中的层次聚类。
  • 基于方差的行过滤,自动仅保留大型矩阵中 Top N 个变异最大的特征。
  • 具有自动 Bonferroni 或 Benjamini-Hochberg 校正调整的多组非参数统计检验(Mann-Whitney U、Welch t-test、Dunn's test)。
  • 使用优化的纯 NumPy 实现进行 MA 图的 LOESS 平滑处理。
  • Openclaw Skills 内的模块化路由系统,可无缝移交科学可视化请求。

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