火山プロット、ヒートマップ、バイオリンプロット、散布図など、高度にカスタマイズ可能で出版対応のサブスキルにバイオインフォマティクスデータの視覚化リクエストを委任するインテリジェントルーター・スキルです。
インストール＆ダウンロード
1. ClawHub CLI
レジストリから直接スキルをインストールする最速の方法です。
npx clawhub@latest install bioinformatics-plot-generator
2. 手動インストール
スキルフォルダを以下のいずれかの場所にコピーしてください
~/.openclaw/skills/ <project>/skills/ 優先順位：ワークスペース > ローカル > バンドル
3. プロンプトのインストール
このプロンプトをOpenClawにコピーするだけで、自動的にインストールされます。
Clawhubを使って bioinformatics-plot-generator をインストールして。Clawhubがインストールされていない場合は、先にインストールしてください（npm i -g clawhub）。
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ZIPアーカイブで生のスキルファイルを取得します。
バイオインフォマティクス・プロット生成器 とは？
バイオインフォマティクス・プロット生成器は、AI Agentおよび開発者のワークフロー向けに設計された特殊なルーティングインターフェースであり、複雑な生物学的データセットを視覚化するための中心的なハブとして機能します。Openclaw Skillsを活用し、ユーザーのプロットリクエスト（差分発現やゲノムスクリーニングから相関分析まで）をインテリジェントに解釈し、対応する視覚化サブスキルに自動的にタスクを委任します。各スクリプトは高度にカスタマイズ可能で、査読付き学術出版物に最適な標準デュアルフォーマット（300 DPI PNGおよびベクトルSVG）の出力を生成します。
単一のルーティングメカニズムの下で複数の専用プロットライブラリを統合することにより、開発者や AI Agent は、手動でのパラメータ調整やゼロからのスクリプト作成なしで、洗練された視覚化をシームレスに生成できます。クラスタリングされた遺伝子発現ヒートマップ、統計比較用のレインクラウドプロット、注釈付きの火山プロットが必要な場合でも、このスキルは科学的な視覚化パイプラインを合理化します。
バイオインフォマティクス・プロット生成器 のユースケース
- 自動テキストラベル衝突防止機能を使用して、差分遺伝子発現、CRISPRスクリーニングのヒット、またはGWASの結果を視覚化します。
- 行と列の注釈付きのクラスタリング遺伝子発現行列やタンパク質存在量ヒートマップを生成します。
- レインクラウドプロットやバイオリンプロットを使用して、統計的有意性ブラケットオーバーレイを備えた分布グループを比較します。
- 品質管理や探索的バイオインフォマティクスデータ分析のための相関行列、回帰直線、MAプロットを作成します。
- Openclaw Skillsによって強化されたバイオインフォマティクス分析ワークフローに、堅牢で自動化された視覚化ステップを統合します。
バイオインフォマティクス・プロット生成器 の仕組み
- ユーザーのデータ視覚化プロンプトとターゲットデータセットの列を分析し、適切なプロットタイプを決定します。
- ルーティングガイドに従って、Openclaw Skills内で特定のサブスキル（
plot-volcano、plot-heatmap、plot-box-violin、またはplot-scatter-bar）にリクエストをルーティングします。 - 入力テーブルデータ（TSV/CSV）を解析して、必要なインデックス、fold-change、p-value、または値の列を特定します。
- 標準的なデフォルト設定や高度なユーザーオーバーライドに基づいて、スタイルパラメータ、しきい値、注釈を設定します。
- 基盤となるPythonプロットスクリプトを実行し、高解像度の300 DPI PNGおよびベクトルベースのSVGグラフィックをレンダリングします。
- 最終的な視覚化パスと、さらなる分析のための二次的な注釈付き出力テーブルを出力します。
バイオインフォマティクス・プロット生成器 のセットアップ
これらの Openclaw Skills を使用する前に、環境にターゲットパッケージがインストールされていることを確認してください。スクリプトは、numpy、pandas、matplotlib、seaborn、adjustText、scipyなどの標準的な科学用Pythonライブラリに依存しています。
最小限のセットアップとサブスキルの実行
火山プロット生成の実行：
python plot-volcano/scripts/plot_volcano.py \\
--input results.tsv \\
--feature-col gene \\
--x-col log2FoldChange \\
--p-col padj \\
--output volcano.png
発現ヒートマップの生成：
python plot-heatmap/scripts/plot_heatmap.py \\
--input expression_matrix.tsv \\
--index-col gene \\
--output heatmap.png
統計テストを伴う分布バイオリンプロットの作成：
python plot-box-violin/scripts/plot_box_violin.py \\
--input data.tsv \\
--value-col expression \\
--group-col condition \\
--plot-type violin \\
--output violin.png
バイオインフォマティクス・プロット生成器 のデータスキーマとタクソノミー
バイオインフォマティクス・プロット生成器は、テーブルデータ（TSV、CSV、または数値行列）を想定し、出力視覚資産を整理します。サブスキル共通のプロパティは以下の通りです：
入力データの仕様
| サブスキル | 入力形式 | 必要な列 / 次元 |
|---|---|---|
plot-volcano |
テーブル (TSV/CSV) | 特徴 ID、Log Fold-Change、p-value または調整済み p-value |
plot-heatmap |
数値行列 | 行インデックス（遺伝子/タンパク質）および列ヘッダー（サンプル） |
plot-box-violin |
テーブル (TSV/CSV) | 数値、離散グループ化/条件列 |
plot-scatter-bar |
テーブル (TSV/CSV) | 数値座標、サイズスケーリング、またはカテゴリマーカー |
出力ファイルとアーティファクト
- 主要画像：高速表示およびドキュメント埋め込み用の300 DPI高解像度PNG。
- ベクトル出力：Adobe IllustratorやInkscapeでの無限スケーリング用オプションのSVGグラフィック付随ファイル（
--output-svg）。 - 注釈付きテーブル：火山プロットの場合、割り当てられた差分グループ（アップ/ダウン/ns）を含む注釈付きTSVが保存されます。
バイオインフォマティクス・プロット生成器 の高度な機能
- 火山プロットの隅に四分位数のカウントを直接計算およびレンダリング。
- トップN特徴の自動的かつ非重畳的なラベル配置のための高度なadjustText衝突回避。
- ヒートマップ生成に統合されたscipyリンケージ手法（ward、complete、average、single）による階層クラスタリング。
- 大型行列において最も変動の大きい上位N個の特徴のみを自動的に保持する分散ベースの行フィルタリング。
- 自動BonferroniまたはBenjamini-Hochberg補正調整を伴う多群ノンパラメトリック統計検定（Mann-Whitney U、Welch t-test、Dunn's test）。
- MAプロット用の最適化された純NumPy実装を使用したLOESS平滑化。
- 科学的な視覚化リクエストをシームレスに引き継ぐためのOpenclaw Skills内のモジュラールーティングシステム。
SKILL.md
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