適用於 Openclaw 的 生物資訊學繪圖產生器

一個智慧路由技能,可將生物資訊學數據視覺化請求分發給高度可定製、滿足出版要求的子技能,包括火山圖、熱圖、小提琴圖和散佈圖。

xutaoguo55
v1.0.0
Jun 4, 2026
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安裝與下載

1. ClawHub CLI

從來源直接安裝技能的最快方式。

npx clawhub@latest install bioinformatics-plot-generator

2. 手動安裝

將技能資料夾複製到以下位置之一

全域模式
~/.openclaw/skills/
工作區
<project>/skills/

優先級:工作區 > 本地 > 內建

3. 提示詞安裝

將此提示詞複製到 OpenClaw 即可自動安裝。

請幫我使用 Clawhub 安裝 bioinformatics-plot-generator。如果尚未安裝 Clawhub,請先安裝(npm i -g clawhub)。

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什麼是 生物資訊學繪圖產生器?

生物資訊學繪圖產生器是一個專為 AI Agent 和開發者工作流程設計的路由介面,作為視覺化複雜生物資料集的中心樞紐。它利用 Openclaw Skills 智慧解析使用者的繪圖請求(範圍涵蓋差異表達分析、基因組篩選到相關性分析),並自動將任務分發給相應的視覺化子技能。每個腳本均可高度定製,產生標準雙格式(300 DPI PNG 和向量 SVG)輸出,非常適合同行評審的學術出版物。

透過在統一的路由機制下整合多種專用繪圖庫,開發者和 AI Agent 無需手動調整參數或從零開始編寫腳本,即可無縫產生複雜的視覺效果。無論您需要聚類基因表達熱圖、統計比較雨雲圖還是帶註釋的火山圖,此技能都能簡化科學視覺化流程。

生物資訊學繪圖產生器 應用場景

  • 使用自動文字標籤防重疊功能,視覺化差異基因表達、CRISPR 篩選命中或 GWAS 結果。
  • 產生帶有行列註釋的聚類基因表達矩陣或蛋白質豐度熱圖。
  • 使用雨雲圖或小提琴圖進行帶有統計顯著性括號覆蓋的分佈組比較。
  • 產生相關性矩陣、迴歸線和 MA 圖,用於品質控制和探索性生物資訊學數據分析。
  • 將強大且自動化的視覺化步驟整合到由 Openclaw Skills 驅動的生物資訊學分析工作流程中。

生物資訊學繪圖產生器 運作原理

  1. 分析使用者的視覺化提示和目標資料集欄,以確定適當的繪圖類型。
  2. 根據路由指南,在 Openclaw Skills 中將請求路由到特定的子技能(如 plot-volcano、plot-heatmap、plot-box-violin 或 plot-scatter-bar)。
  3. 解析輸入的表格數據 (TSV/CSV),定位所需的索引、fold-change、p-value 或數值欄。
  4. 基於標準預設值或高階使用者覆蓋,配置樣式參數、閾值和註釋。
  5. 執行底層的 Python 繪圖腳本,以渲染高解析度 300 DPI PNG 和基於向量的 SVG 圖形。
  6. 輸出最終的視覺檔案路徑,以及用於後續分析的二級註釋表格。

生物資訊學繪圖產生器 設定指南

在使用這些 Openclaw Skills 之前,請確保您的環境中已安裝目標包。這些腳本依賴於標準的科學 Python 庫,如 numpy、pandas、matplotlib、seaborn、adjustText 和 scipy。

最簡設定與子技能執行

執行火山圖產生:

python plot-volcano/scripts/plot_volcano.py \\
  --input results.tsv \\
  --feature-col gene \\
  --x-col log2FoldChange \\
  --p-col padj \\
  --output volcano.png

產生表達熱圖:

python plot-heatmap/scripts/plot_heatmap.py \\
  --input expression_matrix.tsv \\
  --index-col gene \\
  --output heatmap.png

建立帶統計檢定的分佈小提琴圖:

python plot-box-violin/scripts/plot_box_violin.py \\
  --input data.tsv \\
  --value-col expression \\
  --group-col condition \\
  --plot-type violin \\
  --output violin.png

生物資訊學繪圖產生器 資料結構與分類體系

生物資訊學繪圖產生器需要表格數據(TSV、CSV 或數值矩陣)並組織輸出視覺資產。子技能的通用屬性定義如下:

輸入數據規格

子技能 輸入格式 必需欄 / 維度
plot-volcano 表格 (TSV/CSV) 特徵 ID、Log Fold-Change、p-value 或調整後的 p-value
plot-heatmap 數值矩陣 行索引(基因/蛋白質)和欄標題(樣本)
plot-box-violin 表格 (TSV/CSV) 數值,離散分組/條件欄
plot-scatter-bar 表格 (TSV/CSV) 數值座標、大小縮放或類別標記

輸出檔案與產物

  • 主要圖像:300 DPI 高解析度 PNG,用於快速查看和文件嵌入。
  • 向量輸出:可選的 SVG 圖形伴隨檔案(--output-svg),用於在 Adobe Illustrator 或 Inkscape 中進行無限縮放。
  • 註釋表格:對於火山圖,會儲存帶有分配的差異組(上調/下調/ns)的帶註釋 TSV 檔案。

生物資訊學繪圖產生器 進階特性

  • 直接在火山圖角落計算並渲染象限計數。
  • 針對 Top-N 特徵的自動、非重疊標籤放置的高階 adjustText 防碰撞功能。
  • 將 scipy 聯動方法(ward、complete、average、single)整合到熱圖產生中的層次聚類。
  • 基於變異數的行過濾,自動僅保留大型矩陣中 Top N 個變異最大的特徵。
  • 具有自動 Bonferroni 或 Benjamini-Hochberg 校正調整的多組非參數統計檢定(Mann-Whitney U、Welch t-test、Dunn's test)。
  • 使用優化的純 NumPy 實作進行 MA 圖的 LOESS 平滑處理。
  • Openclaw Skills 內的模組化路由系統,可無縫移交科學視覺化請求。

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