オラクルクラウドインフラでGPUを使用した分子シミュレーションのデプロイ

オラクルクラウドインフラでGPUを使用した分子シミュレーションのデプロイ

Table of Contents

1. オラクルクラウドインフラストラクチャー上でGPUマシンをデプロイする方法
2. Gromacsのインストールとベンチマーク実行
3. プロテインリガンド結合の可視化
4. アーキテクチャの概要
5. スタックの作成
6. Terraform設定のアップロード
7. スタックの名前を指定
8. 変数の構成
9. GPUサイズの選択
10. インスタンスへのSSHアクセス
11. Gromacsの実行確認
12. SARS-CoV-2ウイルスのメインプロテアーゼとアルファナビルドラッグ分子の分子動力学シミュレーション
13. 分子動力学シミュレーションのセットアップ
14. 分子動力学シミュレーションの実行
15. オラクルクラウドインフラストラクチャー上でのGPU利用のメリット

オラクルクラウドインフラストラクチャー上でGPUマシンをデプロイする方法

こんにちは、みなさん。オラクルのクラウドエンジニア、グロリアです。今回のデモでは、オラクルクラウドインフラストラクチャー上でGPUマシンをデプロイし、Gromacsをインストールしてベンチマークを実行する方法をご紹介します。さらに、薬物研究や探索に非常に役立つタンパク質リガンド結合の可視化も行います。

アーキテクチャの概要

まず、アーキテクチャについて少し説明します。オラクルクラウドインフラストラクチャー内で実行される単一のGPUマシンがあります。このGPUインスタンスは、Oracleの仮想クラウドネットワーク内で動作します。このGPUインスタンスには、Gromacsアプリケーションが事前にインストールされ、ブロックストレージにアタッチされています。リソースマネージャーでスタックをデプロイした後は、インスタンスにSSHでアクセスしてGromacsにアクセスできますので、rapidly starting できます。

スタックの作成

では、オラクルクラウドインフラストラクチャーに移動し、リソースマネージャーにスクロールしてみましょう。まず最初に行うことは、スタックを作成することです。

Terraform設定のアップロード

次に、ランブックのリソースフォルダにあるTerraformの設定をアップロードします。そして、スタックに名前を付け、バージョン11.xであることを確認します。また、変数の構成も行います。これは、ZIPファイルから自動的に事前設定されています。利用可能なGPU形状には、ベアメタルおよび仮想マシンの両方が含まれています。アートファクトは、オブジェクトストレージに保存されています。

GPUサイズの選択

このラボでは、GPU 3.8を使用します。利用可能なアベイラビリティドメインとGPUの数を選択することもできます。VNCタイプも選択できますが、ここではRBNCにしておきましょう。また、1TBのブロックボリュームサイズも事前に設定されています。

インスタンスへのSSHアクセス

スタックが起動したら、Terraformスクリプトを実行してジョブの完了を待つだけです。これには数分程度かかります。ログが表示されながら進行状況を確認できます。

Gromacsの実行確認

ジョブが完了したら、出力を確認してインスタンスのパブリックIPアドレスとプライベートIPアドレスを取得します。この情報を使用して、インスタンスにSSHでアクセスできます。入ると、Gromacsがインスタンスにインストールされていることを確認するためにコマンドを実行します。

SARS-CoV-2ウイルスのメインプロテアーゼとアルファナビルドラッグ分子の分子動力学シミュレーション

こんにちは、私はYogiです。オラクルクラウドのシニアプロダクトマネージャーです。今回のデモでは、弊社で作成したGromacsを使用したGPUインスタンスを使用して、SARS-CoV-2ウイルスのメインプロテアーゼとアルファナビルドラッグ分子の分子動力学シミュレーションを実行します。

分子動力学シミュレーションのセットアップ

まず、分子動力学シミュレーションの入力設定を行います。次に、分子動力学シミュレーションを送信します。オラクルクラウドインフラストラクチャーでは、最新のNVIDIA A100およびV100 GPUを提供しています。これらの専用GPUコンピューティングは、分子動力学シミュレーションを高速化するのに役立ちます。これらのシミュレーションは、研究者に貴重な情報を提供し、COVID-19などの致命的な疾患の治療法を見つけるための洞察を得るのに役立ちます。最新世代のGPUは、研究者が薬物の発見プロセスを加速し、より多くの潜在的な治療法の組み合わせを研究し、より良い治療法を見つけるのに役立ちます。オラクルクラウドインフラストラクチャーの柔軟性と弾力性により、計算リソースを大規模に提供することができます。これにより、急な状況に迅速に対応できます。大規模な資本投資や計算リソースの負荷を抱える必要はありません。

FAQ

Q: Gromacsを使用したベンチマーク実行のメリットは何ですか？ A: Gromacsを使用することで、高速で正確なベンチマーク結果を得ることができます。これにより、薬物研究や薬物発見のプロセスを迅速化し、効果的な治療法の開発に役立ちます。

Q: 分子動力学シミュレーションはどのような情報を提供しますか？ A: 分子動力学シミュレーションは、タンパク質や薬物分子の相互作用や構造を詳細に分析することができます。これにより、研究者はより効果的な治療法の開発に向けた洞察を得ることができます。

Q: オラクルクラウドインフラストラクチャーのGPU利用のメリットは何ですか？ A: オラクルクラウドインフラストラクチャーは最新のGPUを提供しており、高速かつ効率的な分子動力学シミュレーションを実行することができます。また、柔軟性と弾力性により、急な状況に対応することが可能です。