Déployer des simulations moléculaires accélérées par GPU sur l'OCI

Table of Contents

1. 🏗️ Introduction
2. 🖥️ Deploying a GPU Machine on Oracle Cloud Infrastructure
   1. 🌩️ Architecture Overview
   2. ⚙️ Deploying the Stack
   3. 📊 Benchmarking with Gromacs
3. 🔍 Visualizing Protein Ligand Binding
4. 👩‍💻 Molecular Dynamics Simulation with Gromacs
   1. 🧪 Setting Up The Simulation Input
   2. 🚀 Submitting the Molecular Dynamics Simulation
5. 💻 Oracle Cloud Infrastructure and GPU Acceleration
   1. 🎮 Specialized GPU Compute for Molecular Dynamics Simulation
   2. 🩺 Accelerating Drug Discovery for COVID-19
6. 💡 Highlights
7. ❓ FAQ

🏗️ Introduction

Bonjour à tous ! Je m'appelle Gloria et je suis ingénieure cloud chez Oracle. Dans cette démonstration, je vais vous montrer comment déployer une machine GPU sur Oracle Cloud Infrastructure, installer Gromacs et exécuter un benchmark avec ce logiciel. De plus, nous allons visualiser la liaison ligand-protéine, ce qui est très utile pour la recherche et la découverte de médicaments. Avant de commencer le déploiement de ce livre d'exécution, permettez-moi de vous parler un peu de l'architecture.

🖥️ Deploying a GPU Machine on Oracle Cloud Infrastructure

🌩️ Architecture Overview

Dans cette démo, nous avons une seule machine GPU fonctionnant dans Oracle Cloud Infrastructure Virtual Cloud Network. Cette instance GPU dispose d'un stockage en bloc avec l'application Gromacs déjà installée et attachée. Une fois que vous avez déployé la pile dans Resource Manager, il vous suffit de vous connecter en SSH à l'instance pour accéder à Gromacs et commencer rapidement.

⚙️ Deploying the Stack

Pour commencer, nous allons créer une pile dans Resource Manager. Ensuite, nous allons télécharger la configuration Terraform, qui se trouve dans le dossier "resources" du livre d'exécution. Après avoir donné un nom à notre pile et vérifié la version, nous avons la configuration des variables préremplies à partir de notre fichier zip.

Vous pouvez choisir parmi plusieurs formes de GPU, à la fois bare metal et machine virtuelle. Pour cette démo, nous utiliserons le GPU 3.8. Vous pouvez également choisir le domaine de disponibilité souhaité et le nombre de GPU. Une fois que vous avez effectué tous les choix nécessaires, il suffit de lancer la pile.

📊 Benchmarking with Gromacs

Une fois que la pile est lancée, il vous suffit d'exécuter le script Terraform et d'attendre la fin de l'opération. Cela devrait prendre quelques minutes. Une fois le processus terminé, vous pouvez accéder aux adresses IP publiques et privées de votre instance dans les sorties. Utilisez ces informations pour vous connecter en SSH à l'instance et vérifier que Gromacs est bien installé.

Maintenant que nous avons déployé la machine GPU et installé Gromacs, passons à la prochaine étape : la visualisation de la liaison ligand-protéine.

🔍 Visualizing Protein Ligand Binding

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