Implantação de simulações moleculares aceleradas por GPU no OCI

Índice

1. Introdução
2. Arquitetura da Nuvem Oracle
3. Implantação de uma Máquina GPU no Oracle Cloud Infrastructure
4. Instalação e Execução do Gromacs
5. Visualização de Ligação de Proteína-Ligante
6. Benefícios para a Pesquisa e Descoberta de Medicamentos
7. Configuração do Stack de Recursos
8. Execução do Script Terraform
9. Acesso à Instância GPU
10. Verificação da Instalação do Gromacs
11. Simulação de Dinâmica Molecular com Protease Principal do Vírus SARS-CoV-2
12. Aceleração de Descoberta de Medicamentos com GPUs de Última Geração
13. Flexibilidade e Elasticidade da Oracle Cloud Infrastructure

Implantação de uma Máquina GPU no Oracle Cloud Infrastructure

Neste artigo, vamos aprender como implantar uma máquina GPU na Oracle Cloud Infrastructure, instalar o software Gromacs e executar um benchmark. Além disso, exploraremos a visualização de ligação de proteína-ligante, uma técnica poderosa para a pesquisa e descoberta de medicamentos.

1. Introdução

Meu nome é Gloria e sou uma engenheira de nuvem na Oracle. Nesta demonstração, mostrarei passo a passo como implantar uma máquina GPU na Oracle Cloud Infrastructure e executar o software Gromacs para realizar um benchmark. Também discutiremos a importância da visualização de ligação de proteína-ligante na pesquisa e descoberta de medicamentos.

2. Arquitetura da Nuvem Oracle

Antes de começarmos a implantação, vamos entender um pouco sobre a arquitetura da Oracle Cloud Infrastructure. Nossa máquina GPU será executada em uma Virtual Cloud Network, que é uma rede virtual dentro da infraestrutura da nuvem da Oracle. A instância GPU terá armazenamento em bloco com o aplicativo Gromacs já instalado e anexado. Essa estrutura nos permite acessar facilmente o Gromacs ao fazer o login na instância.

3. Implantação de uma Máquina GPU

Agora vamos ao passo a passo para implantar uma máquina GPU na Oracle Cloud Infrastructure. Primeiro, acesse o Console da Nuvem Oracle e vá para o Oracle Resource Manager. Dentro do Resource Manager, crie um stack para gerenciar todos os recursos necessários. Faça o upload do arquivo de configuração do Terraform que está na pasta de recursos do Run Book. Dê um nome ao stack e selecione a versão 11x.

4. Instalação e Execução do Gromacs

Após a implantação do stack, conecte-se à instância por SSH para ter acesso ao Gromacs. Agora você pode executar o script Terraform e aguardar até que a instalação esteja concluída. Isso deve levar alguns minutos. Verifique os logs para verificar o progresso do processo.

5. Visualização de Ligação de Proteína-Ligante

A visualização da ligação de proteína-ligante é uma técnica extremamente útil para a pesquisa e descoberta de medicamentos. Ao observar a interação entre proteínas e ligantes em um ambiente virtual, os pesquisadores podem obter informações valiosas para o desenvolvimento de novos medicamentos.

6. Benefícios para a Pesquisa e Descoberta de Medicamentos

A utilização de máquinas GPU de última geração na Oracle Cloud Infrastructure oferece uma série de benefícios para a pesquisa e descoberta de medicamentos. Com a capacidade de executar simulações de dinâmica molecular de maneira mais rápida e eficiente, os pesquisadores têm acesso a informações valiosas que podem acelerar o processo de descoberta de tratamentos para doenças graves, como o COVID-19.

Pros:

• A implantação de máquinas GPU na Oracle Cloud Infrastructure é simples e rápida.
• A utilização do software Gromacs permite executar benchmarks e simulações de dinâmica molecular de forma eficiente.
• A visualização de ligação de proteína-ligante é uma ferramenta poderosa para a pesquisa e descoberta de medicamentos.

Cons:

• O uso de máquinas GPU pode ter um custo mais elevado em comparação com outras opções de computação na nuvem.
• É necessário ter conhecimentos técnicos básicos para implantar e configurar as instâncias GPU.

Destaques

• A implantação de máquinas GPU na Oracle Cloud Infrastructure para pesquisa de medicamentos.
• A utilização do software Gromacs para benchmarks e simulações de dinâmica molecular.
• A importância da visualização de ligação de proteína-ligante na descoberta de tratamentos médicos.
• Os benefícios das GPUs de última geração na aceleração do processo de descoberta de medicamentos.

Recursos úteis:

• Oracle Cloud Infrastructure
• Gromacs