OCI에서 약물 설계를 위한 GPU 가속 분자 시뮬레이션

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OCI에서 약물 설계를 위한 GPU 가속 분자 시뮬레이션

오라클 클라우드 인프라에서 GPU 인스턴스 배포하기
Gromacs 설치 및 벤치마크 실행하기
단백질 리간드 결합 시각화하기
아키텍처 소개
스택 생성하기
테라폼 구성 파일 업로드하기
변수 설정하기
GPU 인스턴스 선택하기
인스턴스에 접속하기
Gromacs 설치 확인하기

🚀 오라클 클라우드 인프라에서 GPU 인스턴스 배포하기

오늘은 오라클 클라우드 인프라에서 GPU 인스턴스를 배포하는 방법을 알아보겠습니다. 이 과정에서 Gromacs 소프트웨어를 설치하고 벤치마크를 실행해보겠습니다. 또한, 단백질 리간드 결합을 시각화하는 방법도 배울 것입니다. 이는 약물 연구와 발견에 매우 유용합니다.

1. 아키텍처 소개

먼저, 아키텍처에 대해 간단히 알아보겠습니다. 오라클 클라우드 인프라의 가상 클라우드 네트워크 안에는 하나의 GPU 인스턴스가 있습니다. 이 GPU 인스턴스에는 이미 Gromacs 애플리케이션이 설치되어 있고 블록 스토리지가 연결되어 있습니다. 스택을 배포한 후 인스턴스에 SSH로 접속하여 Gromacs를 사용할 수 있습니다. 이렇게 설정되어 있으므로 빠르게 시작할 수 있습니다.

2. 스택 생성하기

오라클 클라우드 인프라에 접속한 후 리소스 관리자로 이동하여 스택을 생성해야 합니다. 스택을 만들기 위해 다음 단계를 따라주시기 바랍니다.

2.1. 테라폼 구성 파일 업로드하기

먼저, resources 폴더에 있는 테라폼 구성 파일을 업로드해야 합니다. 이 파일은 뒤에 따라오는 단계에서 필요한 파일입니다.

2.2. 스택 이름 설정하기

다음으로, 스택의 이름을 설정해야 합니다. 적절한 이름을 선택해주시기 바랍니다.

2.3. 변수 설정하기

이제 변수 설정을 진행해야 합니다. 압축 파일에 포함된 설정 파일을 미리 설정해 두었기 때문에 미리 입력된 값들을 확인할 수 있습니다. GPU 인스턴스 모양과 가용성 도메인, VNC 타입, 블록 볼륨 크기 등을 선택할 수 있습니다. 적절한 값을 선택해주세요.

2.4. 스택 실행하기

스택이 준비되었으므로 테라폼 스크립트를 실행하고 작업 완료를 기다리면 됩니다. 이 작업은 몇 분 정도 소요될 것입니다. 작업이 진행됨에 따라 로그가 표시됩니다.

3. 인스턴스에 접속하기

작업이 완료되면 출력(Output)에서 인스턴스의 공인 IP 주소와 사설 IP 주소를 확인할 수 있습니다. 이 정보를 사용하여 SSH로 인스턴스에 접속할 수 있습니다. 접속한 후에는 아래의 명령을 실행하여 Gromacs가 잘 설치되었는지 확인할 수 있습니다.

[명령어 보여주기]

🌐 Gromacs를 활용한 단백질 리간드 결합 시각화

안녕하세요, 오늘은 Gromacs와 GPU 인스턴스를 활용하여 SARS-CoV-2 바이러스의 주요 단백질과 알파나바이러스 약물 분자간의 분자 동역학 시뮬레이션을 실행해 보겠습니다. Gromacs를 사용하여 분자 동역학 시뮬레이션을 실행하는 몇 가지 간단한 단계를 따라보겠습니다.

오라클 클라우드 인프라는 최신 NVIDIA A100 및 V100 GPU를 제공합니다. 이 특화된 GPU 컴퓨팅은 분자 동역학 시뮬레이션을 보다 빠르게 실행하는 데 도움이 됩니다. 이러한 시뮬레이션은 연구원들에게 유용한 정보를 제공하며, 코로나바이러스와 같은 잠재적으로 치명적인 질병에 대한 치료제 개발에 도움이 됩니다. 최신 세대의 GPU는 연구원들이 약물 발견 과정을 가속화하고 잠재적인 치료 조합을 연구하여 더 나은 치료법을 찾을 수 있도록 도와줍니다.

오라클 클라우드 인프라의 유연성과 탄력성은 대규모 컴퓨팅을 제공하여 급변하는 상황에 신속하게 대응하는 데 도움이 됩니다. 이를 통해 큰 자본 투자와 컴퓨팅 인프라에 부담을 덜 수 있습니다.

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