在Oracle云上部署GPU加速的分子模拟
目录 📚
- 🏆 引言
- 🌐 Oracle 云基础设施的 GPU 机器部署
- 2.1 安装 Gromacs 和运行基准测试
- 2.2 可视化蛋白质配体结合
- 🌁 架构概述
- 3.1 单一 GPU 机器
- 3.2 Oracle 云基础设施虚拟云网络
- 🌟 部署流程
- 4.1 创建堆栈
- 4.2 上传 Terraform 配置
- 4.3 添加堆栈名称和版本
- 4.4 配置 GPU 实例
- 4.5 完成堆栈的启动
- ⛏️ 运行 Gromacs
- 5.1 SSH 连接到实例
- 5.2 检查 Gromacs 安装
- 🌌 分子动力学模拟
- 6.1 SARS-CoV-2 主蛋白和药物的模拟
- 6.2 优化模拟配置
- 6.3 提交分子动力学模拟
- 🚀 Oracle 云基础设施的优势
- 7.1 最新一代 GPU 的优势
- 7.2 加速药物研发过程
- 7.3 弹性计算和规模性能
- 📚 简结
- 🌐 资源
🏆 引言
大家好，我是 Gloria，一名在 Oracle 担任云工程师的技术专家。在本演示中，我们将向您展示如何在 Oracle 云基础设施上部署 GPU 机器，并使用 Gromacs 软件运行基准测试，还会展示如何可视化蛋白质配体结合过程，以便在药物研究和发现领域发挥重要作用。
🌐 Oracle 云基础设施的 GPU 机器部署
2.1 安装 Gromacs 和运行基准测试
在部署运行簿之前，我们首先要了解一下架构相关的一些知识。我们在 Oracle 云基础设施中部署了一个内置 GPU 的单一机器，该机器运行在虚拟云网络中。这个 GPU 实例已经预先安装了带有 Gromacs 应用程序的块存储，并已附加到实例上。这意味着，只需要通过 SSH 登录到该实例，即可轻松访问和运行 Gromacs，以便快速启动和运行。
2.2 可视化蛋白质配体结合
Oracle 云基础设施的 GPU 实例不仅可以高效运行 Gromacs，还可以方便地可视化蛋白质配体结合过程。这对于药物研究和发现非常有用。可视化过程能够提供宝贵的信息，帮助研究人员从模拟中获取洞察力，并找到潜在的治疗方案，比如研究 COVID-19 病毒的药物。
🌁 架构概述
3.1 单一 GPU 机器
我们的部署架构中包括一个单一的 GPU 机器。这个机器具备强大的处理能力，可以提供高性能的计算资源。由于该机器的 GPU 实例已经预先安装了 Gromacs 应用程序，并附加了块存储，因此用户只需要通过 SSH 登录该实例即可开始使用 Gromacs。
3.2 Oracle 云基础设施虚拟云网络
这个 GPU 机器运行在 Oracle 云基础设施的虚拟云网络中。虚拟云网络提供了强大的网络功能和灵活的配置选项，确保了 GPU 实例与其他云资源的安全连接和高效通信。
🌟 部署流程
现在让我们进入 Oracle 云基础设施，找到资源管理器，然后按照以下步骤创建一个堆栈。
4.1 创建堆栈
首先，我们需要创建一个堆栈，堆栈将帮助我们管理 GPU 机器的部署。
4.2 上传 Terraform 配置
接下来，我们将上传 Terraform 配置文件，该文件位于运行簿中的资源文件夹中。这个配置文件将告诉 Oracle 云基础设施如何构建 GPU 机器的环境。
4.3 添加堆栈名称和版本
给堆栈起一个有意义的名称，并选择适当的版本。这有助于更好地组织和识别堆栈。
4.4 配置 GPU 实例
在堆栈的变量配置中，我们可以选择 GPU 的形状、可用区域和容量。根据实际需求和预算考虑，选择合适的配置。
4.5 完成堆栈的启动
当我们完成堆栈的配置后，只需运行 Terraform 脚本，并等待作业完成。通常情况下，这个过程只需要几分钟时间即可完成。可以通过查看日志来了解部署的进度。
⛏️ 运行 Gromacs
5.1 SSH 连接到实例
部署完成后，我们可以通过 SSH 连接到实例，并在命令行中执行 Gromacs 命令。这样我们就可以验证 Gromacs 是否已成功安装，并准备进行下一步。
5.2 检查 Gromacs 安装
在连接成功后，运行以下命令来验证 Gromacs 的安装：
gromacs --version
检查命令的输出结果是否显示了正确的 Gromacs 版本。
🌌 分子动力学模拟
6.1 SARS-CoV-2 主蛋白和药物的模拟
在 GPU 实例中使用 Gromacs，我们可以进行分子动力学模拟。让我们以 SARS-CoV-2 主蛋白和某种药物分子为例，展示如何进行模拟。
6.2 优化模拟配置
在开始实际的分子动力学模拟之前，我们需要进行一些配置的优化和准备工作。这将确保模拟的准确性和计算效率。
6.3 提交分子动力学模拟
当我们完成了模拟的配置和准备工作后，就可以提交分子动力学模拟任务了。该任务将在 GPU 实例上运行，利用强大的计算能力进行快速而准确的模拟。
🚀 Oracle 云基础设施的优势
7.1 最新一代 GPU 的优势
Oracle 云基础设施提供了最新一代的 NVIDIA A100 和 V100 GPU。这些专用的 GPU 计算能力有助于加快分子动力学模拟的速度，为研究人员提供宝贵的信息。
7.2 加速药物研发过程
分子动力学模拟为研究人员提供了有价值的信息，帮助他们加速药物研发过程。这些模拟可以探索更多潜在治疗组合，为治疗 COVID-19 等重大疾病寻找更好的方案。
7.3 弹性计算和规模性能
Oracle 云基础设施的灵活性和伸缩性使得规模化计算成为可能。这有助于及时应对新兴问题，而无需进行大量的资本投资和计算基础设施建设。
📚 简结
本文中，我们介绍了如何在 Oracle 云基础设施上部署 GPU 机器，并使用 Gromacs 进行基准测试。我们还展示了如何可视化蛋白质配体结合过程，以及在分子动力学模拟中利用 GPU 实例的优势。通过 Oracle 云基础设施，研究人员可以加速药物研发，探索更多潜在治疗方案。
🌐 资源
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